Nel 1266 il papa francese Clemente IV incoronò re di Sicilia Carlo d’Angiò. Taormina, Catania, Caltanissetta, Agrigento e ad altre città rifiutarono l’incoronazione e si schierarono a favore di Corradino di Svezia, re appena sedicenne. Questi, per l’ovvia inesperienza dovuta alla giovanissima età, non era in condizione di fronteggiare il più esperto Carlo d'Angiò. Il 29 Ottobre 1268 fu sconfitto e barbaramente decapitato in Piazza del Mercato a Napoli. Successivamente, l'esercito di Carlo D'Angiò, composto da avventurieri assetati di bottino e di terre, occupò la Sicilia. Iniziò, così, quella che molti hanno definito la mala signoria degli Angioini.
Gli abitanti furono sottoposti a nuove tasse e perfino alle cosiddette collette regie. Gli usi civici subirono drastiche restrizioni. Il malessere provocato dalle vessazioni francesi sfociò, il lunedì di Pasqua del 31 Marzo 1282, nella ribellione che passò alla storia come Vespri Siciliani. La rivolta, iniziata a Palermo, si estese subito in molte città della Sicilia. Investì, con la sua carica indipendentista, anche Taormina, ove i frati francesi furono costretti a fuggire dai monasteri per mettersi in salvo.
Palermo, determinata a scacciare gli Angioini dalla Sicilia, chiese l'intervento del Re Pietro III d'Aragona. Questi sbarcò a Marsala e in poco tempo occupò l'intera isola. L’occupazione militare della Sicilia da parte dell’esercito di Pietro III determinò una nuova spaccatura del regno delle due Sicilie: la parte peninsulare, con a capo Napoli, rimase sotto il dominio degli Angioini, mentre l’isola passò sotto quello degli Aragonesi.
Nel 1302, col trattato di pace di Caltabellotta, l'isola venne concessa a Federico III d'Aragona, ma col divieto di fregiarsi del titolo di Re di Sicilia. Morto nel 1337, gli succedette il figlio Pietro II, nominato nel testamento erede universale e, in violazione del trattato, successore del regno di Sicilia. Quest’ultimo morì nel 1342. Da quella data la Sicilia fu retta da reggenti.
Nel 1348, l'isola fu investita dalla peste, la morte nera, portata dalle navi che venivano dal Levante.
Dopo 90 anni di guerra tra Angioini e Aragonesi, nel 1372 si raggiunse la pace: l'isola rimase alla Casa d'Aragona e al sovrano fu finalmente riconosciuto il titolo di Re di Sicilia.
Nel 1395 fu incoronato Re di Sicilia Martino il Giovane, che, appena diciottenne, aveva sposato Maria d'Aragona, figlia di Federico III. Morì nel 1409 senza eredi legittimi. Il Parlamento Siciliano si riunì a Taormina, nel Palazzo Corvaja, e nominò successore il padre, Martino il Grande. Questi lasciò l'amministrazione della Sicilia alla nuora, Bianca di Navarra, che il figlio Martino, ex re di Sicilia, aveva sposato in seconde nozze.
Il definitivo assoggettamento della Sicilia alla Spagna ebbe un effetto di stabilità e l'isola per lungo tempo non fu più teatro di guerre. Ma ritornò ad essere vessata con le tasse. La guerra dei trent’anni, scoppiata nel 1618, obbligò la Spagna a sostenere enormi spese e la Sicilia fu costretta a contribuire con grosse sovvenzioni.